sanger测序分析软件 测序峰图分析软件
发布日期:2020-09-30摘要:DNA测序仪 DNA测序仪:DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括sanger双脱氧链终止法和maxam-gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今 DNA序列分析的主流。美国pe...
DNA测序仪
DNA测序仪:DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括sanger双脱氧链终止法和maxam-gilbert化学降解法。
自动化测序实际上已成为当今 DNA序列分析的主流。
美国pe abi公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。
原理:abi prism 310型基因分析仪(即dna测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddntp(标记终止物法),因此通过单引物pcr测序反应,生成的pcr产物则是相差1个碱基的3""""末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序 pcr产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。
由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的ccd(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在ccd摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。
分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。
pe公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(pop 6)和genescan胶(pop 4)。
这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。
它主要由毛细管电泳装置、macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。
电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。
它使用最新的ccd摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,pcr片段大小分析和定量分析为 10~40min。
由于该仪器具有DNA测序,pcr片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(sscp)、微卫星序列分析、长片段pcr、rt-pcr(定量pcr)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(snp)分析、基因突变检测、hla配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。
Sanger法测序的原理是什么?
Sange 法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。
直到掺入一种链终止核苷酸为止。
每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。
由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。
终止点由反应中相应的双脱氧而定。
每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。
它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X- 光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
Sanger测序的原理
Sanger法是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得可见的DNA碱基序列.其实就是在四个不同的反应体系中加入不同的终止剂,让DNA互补链的合成分别随机的停止在A、C、G、T处,然后去跑个高分辨率的胶,跑的最远的就是第一个碱基,然后依次类推,分别可以读出其碱基的排序
DNA测序的原理?基因组测序的原理?这两个有什么区别吗,具体应...
我认为有的.DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法.自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流.自动化测序是在Sanger法基础上发展而来的.DNA测序的原理,要答 Maxam-Gilbert化学降解法、Sanger双脱氧链终止法和现在发展起来的焦磷酸化测序的原理.如果说现在最常用的测序原理,应答自动化测序:采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3"末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度.由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在CCD摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的.基因组测序的原理:则涉及到样品的制备、大规模的测序,以及序列分析等
生物信息软件blast怎么使用测序的结果分析,但不会用,谢谢
焦磷酸测序技术应用存在的问题:该技术的原理上来讲,对于多个单碱基重复的序列的准确性比较低(因为焦磷酸测序是一次加入一种碱基,所有荧光信号区分AAAA中到底有几个A是比较不准确的)通量低,当然这个是市场所给定义的,以前illumina测序平台GA的时候,也没觉得其他通路有多低,但是现在PGM,next500 MISEQ,HISEQ 这一些列的测序平台的通量大大提高,使得其他通量显得应用中很难有发挥,现在出来种群多样性鉴定中还比较好用(说实话也被miseq给占了一半还多),454越来越少了。
其实焦磷酸测序这个技术应用在非二代测序平台中也有一定应用,比如甲基化的验证(现在焦磷酸测序是甲基化位点验证的金标准)
直接PCR测序法与Sanger法测序是一样的吗
不是一个范畴的内容.直接PCR测序法一般是指我们直接采用测序的方式来鉴定的方法,与其对等的一般是比如说是在基因型鉴定的RFLP,STR啊等等.而Sanger测序只是测序技术中的一种方法,于此对等的是像NGS啊,N-NGS啊等测序方法.两者间的差异在于,前者是班级这个层面上的,而后者是班级里的一个人这个层面上的.
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