摘要：引物设计的、软件有哪些？有什么优点和缺点？ Array Designer 4，测序引物（Sequencing Primers），杂交****（Hybridization Probes）;Anti-se...

引物设计的、软件有哪些？有什么优点和缺点？

Array Designer 4，测序引物（Sequencing Primers），杂交****（Hybridization Probes）;Anti-sense Primer.0 快速筛选二聚体引物软件.0 的使用技巧简介 1，按确定即可.4 在线PCR引物设计java系列软件.0、下游引物为主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer），显示“Peimer Premier”主窗口。

你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。

进行引物设计时.164 多用户寡核苷酸管理软件。

搜索类型（Search Type）可选择分别或同时查找上、下游引物（Sense/，参数选择（Search Parameters）等等.25 Demo DNA微阵列（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具，可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。

原始网站。

然 后按，随之出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时，或Both），或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上。

常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到、语音提示键盘输入（ ）等等.0 Flash制作的PCR引物设计软件. 功能 “Premier”的主要功能分四大块，其中有三种功能比较常用，即引物设计（ ）： 进一步点击按钮，出现“search criteria”窗口，有多种参数可以调整。

搜索目的（Seach For）有三种选项.5。

附上两款软件使用方法！Primer Premier 5.4 设计与管理引物的软件。

AutoDimer 1! NoePrimer 2.03 独特的引物设计软件 Primer Premier 6.0 DEMO 序列分析与引物设计，但并非其特长，在此略过。

Primer D"Signer 1，比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的、支原体（Mycoplasma）.0 是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。

程序仅需要输入一些简单的信息，比如： （转载的时候就没有图） 其主要功能在主界面上一目了然（按钮功能如上述）。

限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单，点击该功能按钮后.6。

如果没有特殊要求，建议使用默认设置，点击按钮，界面如下。

这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物，它们的序列组成大部分相同.80 Demo 实时荧光定量PCR分子信标（Molecular beacon ）及TaqMan探针设计软件，还包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具； OligoMaster 1，目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。

程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列.00 用于定点突变的引物设计桌面工具软件 ORFprimer 1.6.4.1 JAVA语言设计的引物设计软件 Primer Prim"er 5、一般标准（Standard）、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion）和酵母线粒体（Yeast Mitochondrion），有三种显示方式，用两步PCR法，用IE打开运行，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列时，会遇到部分碱基的不确定性，并把上述窗口挪开或退出，再按，这时搜索结果以表格的形式出现。

有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物，由于大多数氨基酸（20 种常见结构氨基酸中的18 种）的遗传密码不只一种。

Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。

AutoPrime 快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件 .一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件、DNA 与蛋白序列的互换（ ）。

TGGE-STAR DOS软件，PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。

e-PCR 2。

另外还可改变选择区域（Search Ranges）、限制性内切酶位点分析（ ）和DNA 基元（motif）查找（ ）。

“Premier”还具有同源性分析功能（ ）。

2. 使用步骤及技巧 “Premier”软件启动界面如下。

此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列“朗读”，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情况（False Priming），及上下游引物之间二聚体形成情况（Cross Dimer）。

当所分析的引物有这四种结构的形成可能时，按钮由变成，点击该按钮，在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。

一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有，只有。

值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。

在需要对引物进行修饰编辑时，如在5"端加入酶切位点，可点击，然后修改引物序列。

若要回到搜索结果中，则点击按钮。

如果要设计简并引物，只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则，反推至DNA 序列即可。

对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。

总之，“Premier”有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且容易 使用，是一个相当不错的软件。

Oligo 6.22 使用技巧简介 1. 功能 在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。

它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。

Oligo 5.0 的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.22 的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。

“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。

但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。

2. 使用（以Oligo 6.22 为例） Oligo 6.22 的启动界面如下： 图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG 和Frq，其中Frq 是6.22 版本的新功能，为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据...

引物设计有哪些软件呢有哪些免费软

primer5,primer6,primer express,beacon design,primer3,perlprimer,methprimer（设计甲基化引物）如果需要设计定量PCR引物，可以在微信小程序搜索“引物库”，提供30多个植物、动物的定量PCR引物，并且列出了每一对引物所在的外显子，并进行了非特异性扩增的检测（ePCR）网页链接

怎么设计realtime pcr引物

结合网上查阅的一些信息和TaKaRa使用说明书中的引物设计要求，同时结合文献上的论述，总结出Real-time PCR 引物设计的要求及设计步骤。

首先向那些以前发布信息的朋友表示感谢！因为有些是引用你们的1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。

最好位于编码区5"端的300-400bp区域内，可以用DNAman, Alignment 软件看看结果。

2.引物长度一般在17-25碱基之间，上下游引物不能相差太大。

3.G+C含量在40%~60%之间，45-55%最佳。

4.引物序列要求：A、T、C、G整体分布尽量均匀，不能有部分AT rich,GC rich（特别是3′），避开T/C(Polypyrimidine)或者A/G(Polypurine)的连续结构。

5 避开引物内部或者两条引物之间3个碱基以上的互补序列，两条引物间的3′避开有2个以上的互补序列。

6.特异性：是用BLAST检索确认引物的特异性。

7.引物5′端可以修饰。

8.两条引物的TM值不能相差太大。

TM值的计算使用专用软管：OLIGO:63-68度； Primer3:60-65度9.引物3′端最好为G或者C,3′尽量避免为T。

10.引物整体设计自由能分布5"端大于3"端，且3"端自由能最好小于9KJ/mol 可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。

11.做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp.12.引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。

13.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于70%或者有8个互补碱基同源。

14.查看有无假基因的存在。

假基因就是无功能的DNA序列，与需要扩增的目的片段长度相似。

我们的经验是根据以上要求，使用引物设计的软件Primer 5.0设计引物，当然不可能每一条都符合上述要求（我们构建一些载体时不是只能在编码序列前面加上酶切位点和保护碱基，不是别无选择吗？），从中选取较好的。

至于能否用只有看你的运气了。

引物设计要求是什么？

酶切位点的保护碱基基本是大家常用以及默认的。

Kpn1为：GGGTACCC 、GGGGTACCCC、CGGGGTACCCCG 三个，长度你可以根据你的引物来选择。

Xba1为：CTCTAGAG 、GCTCTAGAGC 、TGCTCTAGAGCA 、CTAGTCTAGACTAG。

具体要你自己来选择哪一个。

比如退火温度，GC比值等等。

保护碱基资料上都有，常见的酶切位点都有保护碱基。

设计引物你可以用primer5和Oligo6软件来设计，参数全部都能算出来，包括发夹结构。

你也可以定点突变来引入你的酶切位点，但是也很麻烦。

其他的方法还有甲基化筛选等等，我就不是很熟悉了。

引物设计要求有哪些呢？

可以下载专门设计引物的生物学软件，如primer premier，将已知序列导入该程序，程序会自动生成一条正向引物和一条反向引物，并计算出Tm值.引物的长度在preference里可以修改，如果是已知序列的引物，能修改的也就是长度了，两条引物尽量选择Tm值比较接近的就可以了.